Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah-pilihan yang dihasilkan oleh perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada titik plot yang hilang atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia beralih antara Naoe dan Yasuke, mendedikasikan kira-kira 3-5 jam ke satu sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menekankan bahawa pemain tidak akan dihukum kerana memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Permainan teras tetap konsisten tanpa mengira pilihan anda, anda tidak akan terlepas elemen plot utama, ia benar -benar mengenai keutamaan peribadi, percubaan dan lihat bagaimana permainan menyesuaikan diri dengan pemilihan watak anda.