हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई-एक विकल्प जो पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न करता है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट या गेमप्ले लापता हो सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह नाओ और यासुके के बीच स्विच करता है, 2-3 घंटे के लिए दूसरे पर स्विच करने से पहले लगभग 3-5 घंटे को समर्पित करता है।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट इस बात पर जोर देता है कि खिलाड़ियों को एक चरित्र के पक्ष में नहीं किया जाएगा। जबकि प्रत्येक नायक के पास अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रम और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन हैं, खेल की कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र के रूप में खेलने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"कोर गेमप्ले आपकी पसंद की परवाह किए बिना सुसंगत रहता है। आप प्रमुख प्लॉट तत्वों को याद नहीं करेंगे। यह वास्तव में व्यक्तिगत वरीयता के बारे में है। प्रयोग करें और देखें कि गेम आपके चरित्र के चयन में कैसे समायोजित करता है। प्रत्येक का अपना परिचय और quests है, लेकिन मुख्य कहानी आपके पसंदीदा नायक के लिए अनुकूल है।"
