Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel zeigt zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai-eine Wahl, die eine Diskussion vor der Veröffentlichung generiert.
Es ergaben Bedenken, dass die Fokussierung auf einen Charakter zu fehlenden wichtigen Handlungspunkten oder einem Gameplay führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er wechselt zwischen Naoe und Yasuke und widmete ungefähr 3-5 Stunden vor dem einen, bevor er 2-3 Stunden zum anderen wechselte.
Dumont betont jedoch, dass die Spieler nicht dafür bestraft werden, einen Charakter zu bevorzugen. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge hat, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, als ihren bevorzugten Charakter zu spielen:
"Das Kernspiel bleibt unabhängig von Ihrer Wahl konsistent. Sie werden die wichtigsten Handlungselemente nicht verpassen. Es geht wirklich um persönliche Vorlieben. Experimentieren Sie und sehen Sie, wie sich das Spiel an Ihre Charakterauswahl anpasst. Jeder hat seine eigene Einführung und Quests, aber die Hauptgeschichte passt sich Ihrem bevorzugten Helden an."
