Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato discussione pre-rilascio.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a punti di trama cruciali o gameplay. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: cambia tra Naoe e Yasuke, dedicando all'incirca 3-5 ore a una prima di passare all'altra per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont sottolinea che i giocatori non saranno penalizzati per favorire un personaggio. Mentre ogni protagonista ha sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare come personaggio preferito:
"Il gameplay di base rimane coerente indipendentemente dalla tua scelta. Non perderai i principali elementi della trama. Si tratta davvero di preferenze personali. Sperimenta e vedi come il gioco si adatta alla selezione del tuo personaggio. Ognuno ha la propria introduzione e missioni, ma la storia principale si adatta al tuo eroe preferito."