El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. El juego presenta dos personajes jugables: Naoe, una femenina shinobi y Yasuke, un samurai africano histórico, una opción que se genera discusión previa a la liberación.
Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a faltar puntos de trama cruciales o juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: cambia entre Naoe y Yasuke, dedicando aproximadamente de 3 a 5 horas a uno antes de cambiar al otro durante 2-3 horas.
Sin embargo, Dumont enfatiza que los jugadores no serán penalizados por favorecer a un personaje. Si bien cada protagonista tiene secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. Anima a los jugadores a jugar como su personaje preferido:
"El juego central sigue siendo consistente independientemente de su elección. No se perderá los principales elementos de la trama. Realmente se trata de preferencias personales. Experimente y vea cómo el juego se ajusta a la selección de su personaje. Cada uno tiene su propia introducción y misiones, pero la historia principal se adapta a su héroe favorecido".