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《尼尔：机械纪元》的主线故事分为三个流程。虽然前两个流程有很多重叠部分，但第三个流程清楚地表明，即使第一次通关后，仍然有很多故事值得探索。
虽然你需要完成三个主要流程，但游戏有多个结局，有些结局比其他结局更加完整，有些结局需要你扮演特定角色并执行特定操作。以下是所有三个可操控角色以及如何在它们之间切换的方法。
《尼尔：机械纪元》所有可操控角色
《尼尔：机械纪元》的故事围绕着2B、9S和A2展开。2B和9S是搭档，根据你在每个流程中花费的时间多少，他们俩可以说是占据了最多的屏幕时间。每个角色都有自己独特的战斗风格，即使你为所有三个流程都装备了相同的插件芯片，也会有一些细微之处让扮演每个角色都成为一种新的体验。2B、9S和A2在整个游戏中都是可操控角色，但切换操控角色可能并不那么直接。
《尼尔：机械纪元》如何切换角色
在游戏的第一轮流程中，你无法随时切换角色。你在每个流程中扮演的角色是：
- 流程1 - 2B
- 流程2 - 9S
- 流程3 - 2B/9S/A2，根据故事需要在每个角色之间切换。
选择游戏的主要结局之一后，你将解锁章节选择模式，现在你可以选择你想要扮演的角色。使用章节选择模式，你可以选择游戏的17个章节中的任何一个跳回。在许多章节中，你会看到屏幕右侧的数字会根据已完成或未完成的支线任务而变化。如果某个角色在该章节中有任何数字，你可以选择以该角色重玩该章节。
一些较后的章节，大部分是流程3，只允许你以特定角色扮演特定章节，而且这不会改变。通过章节选择，你可以随时更改角色，但你也需要将故事中的位置更改到该角色在主线故事中可操控的任何地方。只要你在进入另一个章节之前保存游戏，在章节选择模式中完成的任何操作都会保留，让你在努力达到最高等级时提升所有三个角色的共享等级。
