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《尼爾：機械紀元》的主線故事分為三個流程。雖然前兩個流程有很多重疊部分，但第三個流程清楚地表明，即使第一次通關後，仍然有很多故事值得探索。
雖然你需要完成三個主要流程，但遊戲有多個結局，有些結局比其他結局更加完整，有些結局需要你扮演特定角色並執行特定操作。以下是所有三個可操控角色以及如何在它們之間切換的方法。
《尼爾：機械紀元》所有可操控角色
《尼爾：機械紀元》的故事圍繞著2B、9S和A2展開。2B和9S是搭檔，根據你在每個流程中花費的時間多少，他們倆可以說是占據了最多的屏幕時間。每個角色都有自己獨特的戰鬥風格，即使你為所有三個流程都裝備了相同的插件芯片，也會有一些細微之處讓扮演每個角色都成為一種新的體驗。2B、9S和A2在整個遊戲中都是可操控角色，但切換操控角色可能並不那麼直接。
《尼爾：機械紀元》如何切換角色
在遊戲的第一輪流程中，你無法隨時切換角色。你在每個流程中扮演的角色是：
- 流程1 - 2B
- 流程2 - 9S
- 流程3 - 2B/9S/A2，根據故事需要在每個角色之間切換。
選擇遊戲的主要結局之一後，你將解鎖章節選擇模式，現在你可以選擇你想要扮演的角色。使用章節選擇模式，你可以選擇遊戲的17個章節中的任何一個跳回。在許多章節中，你會看到屏幕右側的數字會根據已完成或未完成的支線任務而變化。如果某個角色在該章節中有任何數字，你可以選擇以該角色重玩該章節。
一些較後的章節，大部分是流程3，隻允許你以特定角色扮演特定章節，而且這不會改變。通過章節選擇，你可以隨時更改角色，但你也需要將故事中的位置更改到該角色在主線故事中可操控的任何地方。隻要你在進入另一個章節之前保存遊戲，在章節選擇模式中完成的任何操作都會保留，讓你在努力達到最高等級時提升所有三個角色的共享等級。
